La polizia tedesca in Italia è agli ordini di Wilhelm Harster, un ufficiale delle SS comandante della SiPo, la polizia di sicurezza (che comprende anche la Gestapo, cioè la polizia politica), e dello SD, il servizio di sicurezza delle SS. Il comando generale di Harster si trova a Verona.
Il sistema tedesco si articola su una serie di “comandi avanzati” (in tedesco Aussenkommandos, AK), cioè comandi di polizia presenti nelle maggiori città, con distaccamenti nelle città più piccole, denominati Aussenposten (AP). Il personale di questi comandi comprende membri delle SS e agenti di polizia.
Harster ha ai suoi ordini un referente per le questioni ebraiche, cioè un ufficiale incaricato di organizzare ed eseguire la cattura e la deportazione degli ebrei italiani. Fino al dicembre del 1943 questo compito è svolto Theodor Dannecker, che organizza con i suoi uomini le razzie di Roma (16 ottobre 1943) e quelle di poco successive in Toscana e a Milano, Genova e Venezia.
Tuttavia, Berlino ritiene insoddisfacenti i risultati ottenuti da Dannecker, dato che alla fine del 1943 risultano deportate nei campi di sterminio “solo” poco più di 3.000 persone, una quantità minima rispetto al numero complessivo di ebrei presenti sul territorio italiano occupato. Probabilmente è per questo motivo che Dannecker viene sostituito da Friedrich Bosshammer, un altro specialista della persecuzione. Bosshammer non solo consolida il sistema di polizia tedesco in Italia, ma dà anche una grossa spinta alla persecuzione antiebraica.
I responsabili degli Aussenkommandos e degli Aussenposten godono di grandissima libertà e autonomia. Si tratta, però, di strutture molto piccole, con personale ridotto e che deve occuparsi anche della lotta a partigiani e antifascisti, oltre ad arrestare gli ebrei.
Harster, tuttavia, può contare sulla collaborazione della polizia italiana. Dopo il Congresso di Verona, che ha decretato la nazionalità nemica degli ebrei, e l’ordine di polizia n. 5, che ne impone la cattura e la reclusione nei campi di concentramento provinciali, la polizia nazista e le SS hanno a loro disposizione i collaborazionisti italiani.
Dal gennaio 1944, gli Aussenkommando si muovono sempre assieme alla polizia italiana, anche se i tedeschi agiscono con una discreta autonomia nella scelta dei propri collaboratori. Ad esempio, Herbert Kappler, comandante dell’Aussenkommando di Roma, si affida a bande di collaborazionisti locali per ottenere informazioni e arrestare gli ebrei. A Milano, invece, a occuparsi della faccenda è soprattutto Otto Koch, maresciallo maggiore delle SS e comandante del reparto IVb dell’AK locale (guidato dal capitano Theodor Saevecke). Koch preferisce utilizzare singoli informatori e operare personalmente gli arresti.
Il sistema ideato da Harster si rivela piuttosto efficace e, soprattutto, permette di economizzare le scarse risorse a disposizione. Difatti, gestendo la persecuzione degli ebrei attraverso i collaborazionisti italiani, i poliziotti tedeschi possono controllare il territorio con pochissimi uomini. Soprattutto nel periodo gennaio-maggio 1944, gli arresti sono numerosi, per diminuire con la liberazione dell’Italia centrale e le accresciute difficoltà nel rintracciare gli ebrei nascosti. Dal febbraio 1945, gli arresti e le deportazioni dall’Italia cessano completamente, per ordini provenienti probabilmente da Himmler, che ha iniziato a trattare con gli Alleati.